ドッキングシミュレーションツールAutoDock Vinaおよびデータの前処理で使用するAutoDock Toolsのインストール、実際に使用した手順、私が遭遇したエラーとその対処についてトラブルシューティングを備忘録がてら記述します。 Macがメイン環境ですが、Apple ...

This repository contains a tutorial for using AutoDock Vina to dock Purpurogalline to a zinc-dependent beta-lactamase, along with a reference compound. The tutorial guides users through installation, ...

AutoDock Vinaで分子ドッキングをする方法にはいろいろあるが，細かいことを気にしないならUCSF Chimeraと組み合わせるのが楽でいいと思う。 まずはTools→Surface/Binding Analysis→Dock Prepより，前処理を行う。ここでは，溶媒分子やalternative coordinatesの削除などの処理 ...

atom_par H 2.00 0.020 0.0000 0.00051 0.0 0.0 0 -1 -1 3 # Non H-bonding Hydrogen atom_par HD 2.00 0.020 0.0000 0.00051 0.0 0.0 2 -1 -1 3 # Donor 1 H-bond Hydrogen atom ...