Calculating the metrics for an input fasta file, formatting an assembly fasta file for blast, blast input gene fasta file to assembly blastdb, parse blast output file into .bp file, parse .bp file to ...

生物情報の解析をしていると、NCBIで検索した遺伝子群の配列（mRNAやタンパク質）を一括で取得したいと思う場面がよくあります。 特に、「Send to → File」機能で得られる gene_result.txt のようなタブ区切りファイルから、自動的に配列を収集できたら便利です ...

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）は、遺伝子やタンパク質の相同性検索に欠かせないツールです。 NCBIのWeb版BLAST を利用している研究者・学生も多いのではないでしょうか。しかし、大量の配列を検索する場合、Web版BLASTには 処理速度の遅さ や クエリ数の ...

Identity (%): sequence identity thresholds. Coverage (%): Alignment coverage of the leader sequence. Compression (%): percentage of the original size. Affected clusters: number of clusters with ...

"Open the original seqence"の"open"ボタンをクリックし、元になる塩基配列が記録されているFASTAファイルを選択。 もしくは、"Direct input of sequence data"の項目をチェックした後に、右側の大きな欄に元になる塩基配列を直接入力。"open"ボタンをクリック。 元になる塩基配列が読み込めると、右側の大きな ...

Welcome to our powerful and user-friendly EMBL Feature Extractor! This online bioinformatics tool is designed to streamline your work with DNA and protein sequences specifically from EMBL formatted ...

With researchers in the omics space now generating terabytes of data in a single experiment, it’s important to understand how meaningful results can be derived from what looks like a string of random ...