Use the -f or --fasta flag to specify the path to your FASTA file. For ENSEMBL and Gencode files, the -t or --taxonomy flag is required. This flag should provide the organism’s taxonomy (e.g., ...

塩基配列中に改行が入ったFASTAファイルを2行単位のFASTAファイルに変換するシェルスクリプトです。Linux環境で動きます。 アセンブルしたデータやオンラインデータベースからダウンロードしたFASTAファイルは、配列中に改行が入っていることがしばしばです。

condaで一撃で入った。 2. GeneMiner チュートリアル通りに入れた。 エラーが出たけど、ファイルの中身の名前を修正して、 python setup.py installとしたら問題なく動いてくれた。 FishTEDBならSpeciesから適当な種のトランスポゾンとかfasta形式のファイルを取得する。